COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.764695
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.768011
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.800386
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.831672
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.861203
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.898919
2021-06-24 17:00:00 8.110946 1.981356 1.952986

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 1.966452
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 1.918480
2021-06-28 17:00:00 0.404858 0.089445 1.837248
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 1.810601
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.678556 1.843657
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.833620
2021-06-24 17:00:00 3.956479 3.956479 1.841635

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 3.333333 2.821869 4.260685
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.396101
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.345978
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 4.824725
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.921676 4.944840
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.065123
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 5.393121

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.774513
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.708827
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.664146
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.704518
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.875121
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 1.989821
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.099355

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 6.802721 8.270159 7.120818
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 7.098486
2021-06-28 17:00:00 6.434316 7.137883 7.392881
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.505938
2021-06-26 17:00:00 6.036122 6.036122 7.506855
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 7.403459
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.498134

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.701380 3.935830
2021-06-29 17:00:00 2.257053 2.257053 3.874350
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.356705 4.063188
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.185100
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.341329
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.434972
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.597013

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.381741
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.404899
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.315457 1.355755
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.316252
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.931876 1.312971
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.340172
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.482622 1.367141

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.709856
2021-06-29 17:00:00 1.803922 1.803922 2.687527
2021-06-28 17:00:00 3.354839 3.354839 2.722236
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.714881
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.711557
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.800188
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.826730

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.709731
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.712641
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.724504
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.731250
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.783217
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.829662
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.804829 0.885929

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.086190
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.146184 1.092866
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.108748 1.073101
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.075106
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.804308 1.094494
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.087360
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.120512

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.605996 1.155226
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.200348
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.327332 1.232537
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.265140
2021-06-26 17:00:00 0.563698 1.465614 1.290109
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.368984
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.421031

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.548597
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.561243
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.554533
2021-06-27 17:00:00 2.015677 0.518135 0.682539
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.766645
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 0.909937
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 0.984763

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.743561
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.724884
2021-06-28 17:00:00 3.191489 1.694915 2.718421
2021-06-27 17:00:00 1.041667 1.041667 2.852661
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 2.971483
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.149377
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.249059

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.723754
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.708962
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.187617 0.715874
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.705201
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.717109
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.746616
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.800900

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.845989
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.849065
2021-06-28 17:00:00 0.504505 1.189189 0.854522
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.856678
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.831181 0.861102
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.870486
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.901316

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.902132
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 3.020285
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 3.017279
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.141789
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.278470
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.439339
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.610604

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.699902
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.666415
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.054451 0.665205
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.667264
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.668103
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.659563
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.631671

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.839072
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.813905
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.845216
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 2.935353
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.026030
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.141619
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.274484

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 0.885969
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.389105 0.882560
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.737595 0.902093
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 0.936122
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 0.970830
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.005873
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.030678

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 2.175317
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 2.170675
2021-06-28 17:00:00 0.000000 5.063291 2.179838
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 2.229669
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 2.242257
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.296330
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.396392

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.321597
2021-06-29 17:00:00 1.775148 2.884615 1.265546
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.209708
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 1.235164
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.249158
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.258522
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.324569

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-30 17:00:00 2.713987 1.983299 1.970885
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 1.974415
2021-06-28 17:00:00 2.642008 1.064963 1.949587
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 1.949944
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.012393
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.103210
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.176736

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.771180 2.771180 1.966452
Basilicata 3.333333 2.821869 4.260685
Calabria 1.799856 1.799856 1.774513
Campania 6.802721 8.270159 7.120818
Emilia-Romagna 2.258469 3.701380 3.935830
Friuli Venezia Giulia 1.304348 1.304348 1.381741
Lazio 2.388759 2.388759 2.709856
Liguria 0.730460 0.730460 0.709731
Lombardia 1.174542 1.174542 1.086190
Marche 1.222494 1.605996 1.155226
Molise 0.381679 0.381679 0.548597
P.A. Bolzano 1.020408 1.020408 2.743561
P.A. Trento 1.525054 1.525054 0.723754
Piemonte 0.780031 0.780031 0.845989
Puglia 2.042007 2.042007 2.902132
Sardegna 0.885878 0.885878 0.699902
Sicilia 2.849117 2.849117 2.839072
Toscana 0.768751 0.768751 0.885969
Umbria 1.353638 1.353638 2.175317
Valle d'Aosta 2.941176 2.941176 1.321597
Veneto 2.713987 1.983299 1.970885

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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